杭州国际城市学研究中心(杭州研究院)的机构设置中心下设6个正处级处室，39个事业编制：分别为综合处、战略合作（科研）处、城市学研究处、杭州学研究处、媒体宣传处（中国城市网管理处）、事业发展处（秘书处）。杭州国际城市学研究中心（杭州研究院），作为中共杭州市委办公厅直接管辖的财政补助事业单位，其主要任